Поместите свое приложение или сценарий в каталог Scripts (виртуальный каталог для приложений). В этом виртуальном каталоге установлено разрешение на выполнение.
Необходимо, чтобы каждый процесс, начатый приложением, использовал учетную запись с адекватными разрешениями. Если приложение взаимодействует с другими файлами, учетная запись, используемая программой, должна иметь соответствующие разрешения на доступ к этим файлам. По умолчанию приложения, запускаемые по учетной записи IUSR_имякомпьютера, должны иметь разрешения на выполнение и администрирование.